Teren Nadleśnictwa jest obszarem wyjątkowo cennym przyrodniczo. Świadczy o tym fakt, że około 70% jego powierzchni włączono do Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000.

I. Obszary specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (OSO) o łącznej powierzchni 13034,13 ha, stanowią 68,50 % gruntów Nadleśnictwa. Jest to 5 jednostek: Obszar Ostoja Tyszowiecka (kod obszaru PLB060011), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 460,23 ha; Obszar Dolina Sołokiji (kod obszaru PLB060021), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 3329,25 ha; Obszar Zlewnia Górnej Huczwy (kod obszaru PLB060017), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 591,91 ha; Obszar Roztocze (kod obszaru PLB060012) jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 8 681,56 ha. Obszar Dolina Górnej Łabuńki (kod obszaru PLB060013), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 5,24 ha.

II. Specjalne obszary ochrony siedlisk Natura 2000 (SOO) o łącznej powierzchni 3 937,11 ha, co stanowi 20,69 % powierzchni Nadleśnictwa (obszary SOO częściowo pokrywają się z obszarami OSO). Są to: Obszar Żurawce (kod obszaru PLH060029), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 25,30 ha; Obszar Zarośle (kod obszaru PLH060028), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 384,7 ha; Obszar Dolina Sieniochy (kod obszaru PLH060025), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 56,46 ha; Obszar Dolina Górnej Siniochy (kod obszaru PLH060086), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 2,08 ha; Obszar Borowa Góra (kod obszaru PLH060070), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 3,29 ha; Obszar Bródek (kod obszaru PLH060085), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 149,95 ha; Obszar Kazimierówka (kod obszaru PLH060088), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 165,43 ha; Obszar Łabunie (kod obszaru PLH060080), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 231,49 ha; Obszar Minokąt (kod obszaru PLH060089), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 20,99 ha; Obszar Uroczyska Roztocza Wschodniego (kod obszaru PLH060093), jego powierzchnia na gruntach Nadleśnictwa wynosi 2893,36 ha.